Příčiny růstové retardace lze rozdělit zhruba do čtyř hlavních skupin:
- V první řadě jde o děti zdravé, ale malé, kde se na nízkém vzrůstu podílí dědičné vlivy nebo opoždění růstu většinou způsobené zpomalením nitroděložního vývoje neboli intrauterinní růstovou retardací.
- Důležitou skupinou jsou děti s hormonální poruchou. Hlavní roli zde hrají růstový hormon, hormon štítné žlázy a pohlavní hormony.
- Porucha růstu se může projevit sekundárně jako důsledek dlouhodobého zatěžování organismu jinou chronickou nemocí. Může jít o systémové choroby spojené s autoagresivitou imunitního systému, případně o poruchu některého důležitého orgánu. Růstová porucha může provázet i nádorová onemocnění dětského věku.
- Zvláštní kapitolou jsou děti, jejichž problém není na úrovni produkce hormonů, ale mají postiženy růstové zóny kostí. Kost buď není schopna růstu pro nefunkčnost růstové zóny, nebo její buňky nereagují na hormonální podněty.